Comme le dit xave dans son explication sur la mise à jour de dotclear en version 1.2.4 :

3. Parmi les fichiers mis à jour se trouve une partie des fichiers du thème par défaut. Mais bien entendu, vous l'avez copié dans votre thème avant de le modifier (sinon, dépèchez vous avant de le perdre.)

le fichier template.php est modifié dans la mise à jour. Alors si comme moi vous avez modifié directement le thème par défaut il se trouve que certaine chose ne marche plus comme le plugin bblclone par exemple.

Reste une solution vimdiff[1] template.php old_template.php.

Enfin comme le dit ton bon admin sys RTFM. J'aurai du le savoir... DOH !!!!

Notes

[1] non, non, je ne lance pas de trooll